1. Tahsinul qur'an
Para ulama salaf berpendapat bahwa membaca Al-qur'an sesuai dengan kaidah makhorijul huruf dan tajwid adalah wajib. Rasulullah SAW bersabda: سأل أنس بن مالك عن قراءة النبيّ ص م فقال: كان يمدّ مدّا(رواه البخارى) "Anas bin Malik ditanya tentang bacaan Nabi SAW. Ia menjawab:"keaadan Nabi SAW memanjangkan bacaan bacaan mad(harus dibaca panjang) (HR.Bukhari) kemampuan membaca Al-Qur'an janganlah hanya dapat membacanya tanpa kaidah-kaidah yang benar, karena: a. Jika salah membacanya, maka arti akan berubah misal: إنّ الله لا يحب الكافرين Sesungguhnya Allah SWT tidak menyukai orang-orang kafir إنّ الله ليحب الكافرين Sesungguhnya Allah SWT benar-benar menyukai orang-orang kafir b. Kurang maksimal dalam menghayati bacaan Al-Qur'an oleh karena itu santri PKQWA belum boleh menghafal aAl-Qur'an jika bacaannya belum baik. Tahsin qur'an adalah bimbingan untuk mebetulkan bacan Al-Qur'an sesuai dengan kaidah bacaan / tajwid&makhroj, santri-santri PKQWA sebelum membaca Al-Qur'an hingga baik sesuai dengan makhorijul huruf dan tajwid. Anggota PKWH baca yang dapat membaca dengan baik jumlahnya sekitsr 25% olehkarena itu sebagian besar anggota baru masuk program tahsinul Qur'an. Waktu yang dibutuhkan tiap santri untuk tahsin berbeda-beda. Hal ini dipengaruhi oleh berbagai hal, antara lain, logat, kemauan, ketekunan dan aplikasi dalsm membaca Al-Qur,an. Santri yang berasal dari pulau jawa pada umumnya lebih mudah dalam pembenaran terutama dalam makhorijul huruf. Semakin sering santri mengaplikasikan apa yang telah diajarkan oleh ustadz, maka lidah akan semakin ter biasa. Rata-rata santri lulus tahsin dalam yaktu tiga hingga enam bulan. Siswa yang mengikuti program tahsin dibagi menjadi beberapa kelompok. Setiap kelompok dibimbing oleh satu guru. Metode yang digunakan setiap guru berbeda. Setiap kelompok memiliki kemampuan yang berbeda, sehingga model pengajaran setiap guru juga berbeda. Kelompok yang anggotanya belum lancar, maka guru membimbingnya lebih menekan ke tajwid dan makhroj, dan bagi kelompok yang sudah cukup mahir, guru lebih meningkatkan lagu bacaan. Jika Siswa sudah dinilai cukup, maka Siswa akan di tes guna mengetahui kemahiran Siswa, jika sudah memenuhi syarat maka Siswa pindah ke kelompok tahfidz.
2. Tahfidz
Tahfidzul Qur'an adalah menambah jumlah hafalan dengan melantunkannya di hadapan ustadz. Hafalan Al Qur'an yang masih baru harus disimakkan kepada ustadz demi menjaga keshohihan hafalan. Bagi para penghafal Al Qur'an, sebanyak apapun jumlah hafalan Al Qur'an jika belum disetorkan hafalan tersebut belum dianggap sebagai hafalan Al Qur'an. Sebab, jika hafalan belum disetorkan kemungkinan besar di dalam hafalannya terdapat kesalahan. Biasanya kesalahan terjadi karena kurang teliti dalam menghafal. Tidak semua santri Program Kuliyatul Qur'an wal Hadits boleh langsung menghafal Al Qur'an. Syarat untuk boleh menghafal Al Qur'an adalah santri yang bersangkutan harus sudah dapat membaca Al Qur'an dengan baik dan benar sesuai dengan makhorijul huruf dan kaidah tajwid serta lancar dalam membacanya. Para santri Program Kuliyatul Qur'an wal Hadits yang masuk ke kelompok tahfidz dibagi menjadi beberapa kelompok lagi sesuai pengampu tahfidz. Para diharuskan menyetorkan hafalan Al Qur'annya kepada ustadz pengampu masing-masing, tidak ke ustadz yang lain. Metode ini diterapkan agar perkembangan santri dapat dipantau secara lebih detail terutama di bidang baca Al Qur'an dan perkembangan hafalan. Kuantitas setoran santri Program Kuliyatul Qur'an wal Hadits adalah satu halaman per sekali setoran. Ketentuan ini berlaku bagi seluruh santri PKQWH yang sudah boleh menghafal. Meskipun standar setoran sama, metode setoran tiap santri berbeda-beda. Ada yang langsung menyetor hafalan baru, ada juga yang muroja'ah sebelum setoran, yakni setoran dimulai dua lembar sebelum hafalan baru. Ada beberapa santri yang dalam proses di kelompok tahfidz kemampuan baca Al Qur'annya menurun. Penyebab menurunya kualitas bacaan ada beberapa diantaranya adalah pondasi bacaan Al Qur'an ketika di program tahsin kurang kuat. Melantunkan Al Qur'an secara bil ghoib membutuhkan konsentrasi lebih banyak daripada melantunkan secara bin Nadzhor. Sehingga, jika pondasi bacaan Al Qur'an belum kuat maka ketika setoran makhorijul huruf dan kaidah tajwid akan terlupakan. Metode setoran bagi santri ini adalah dengan cara tahsin sekaligus setor. Yakni, santri menyetorkan hafalannya, dan jika terdapat kesalahan makhroj atau tajwid, ustadz pengampu mengingatkannya. Apabila santri tersebut mengalami kesulitan di kelompok tahfidz, santri tersebut akan dimutasi ke kelompok tahsin.
3. Muroja’ah
Menghafal quran membutuhkan ketekunan. Kecerdasan bukanlah jaminan bahwa Al quran tidak adkan hilang adari ingatannya. Ini merupakan salahsatu karakter Al Qur’an, Allah SWT menjadikannya mudah hilang dari ingatan. Rasullulah SAW bersabda, تعاهدوا القرآن والذي نفس محمّد بيده لهو أشدّ تفلّتا من الإبل في علقها(متّفق عليه) Selalulah bersama Al Qur’an, demi zat yang jiwa Muhammad SAW berada di tangannya, sesungguhnya Al Qur’an itu lebih cepat hilangnya dari pada tali onta dalam ikatannya